La Sinagoga del Tránsito alberga en su interior el Museo Sefardí, donde se muestra el marco histórico y geográfico del pueblo judío.
A través de las salas y los patios se ve el transcurso de su devenir, su vida y cultura desde el Antiguo Oriente hasta la cultura helenística, la llegada a España, la vida en la época romana y su relación con la cultura visigoda y la edad de oro, historia en la era cristiana, la Inquisición y su expulsión.
Una colección permanente de más de 1.253 piezas nos acerca a su vida y costumbres y en el patio este podemos ver una excavación arqueológica relacionada con el almacenamiento de agua.